2029 рік. Технологічний прогрес досяг такого рівня, що кіборґи тепер скрізь. Крім того, людський мозок може під'єднуватися до Інтернету безпосередньо. Майорка Мотоко Кусунаґі служить у Дев'ятому підрозділі – це елітний, таємний поліційний відділок, якому доручають спеціальні операції, такі як контртерористична діяльність та розлідування кіберзлочини. Героїня виходить на слід Ляльковика – кіберзлочинця, який зламує мізки кіборґів, аби заволодіти інформацією для втілення подальших злочинів.